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Nos ecossistemas aquáticos o fitoplâncton é constituído por organismos microscópicos com capacidade fotossintética.
Do fitoplâncton fazem parte algas microscópicas (microalgas) e cianobactérias. Em situações de alteração das características da massa de água, alguns grupos fitoplanctónicos podem desenvolver-se em grandes densidades formando florescências ou blooms. Estes acontecimentos são particularmente frequentes em sistemas com excesso de nutrientes provenientes geralmente dos esgotos domésticos e industriais. Dentro dos organismos fitoplanctónicos formadores de florescências são particularmente importantes as cianobactérias, uma vez que produzem uma grande variedade de compostos tóxicos quer para o Homem quer para os ecossistemas em geral.
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